La organización Vindice está conformada por un grupo de cinco misteriosos hombres, cuya misión ha sido proteger las leyes en el mundo de la mafia desde que ésta existe. Uno se preguntará para qué quieren unos mafiosos una organización que los regule cuando ellos violan las leyes. Esto es porque incluso entre ellos hay ciertos códigos que se mantienen.
Liderados por Bermuda von Veckenschtein, ellos controlan la Prisión Vendicare, la cual es la prisión de alta seguridad más cruel que existe y de la que supuestamente no hay escapatoria, aunque Mukuro y Daemon Spade han podido hacerlo. Aparte de ellos, otros presos han salido de Vendicare por negociaciones, pero incluso éso debe tener un alto costo. Los Vindice son realmente temidos. Solamente hay tres ilusionistas que pueden engañarlos: Mukuro, Fran y Kawahira. El poder de Vindice, como sea, va más allá e incluso puede que sean los personajes más fuertes en toda la historia.
La primera aparición se da en el Arco de Kokuyo, cuando se envían cartas firmadas bajo el nombre de Vindice a las distintas familias mafiosas, advirtiéndoles sobre el escape del peligroso ilusionista Rokudo Mukuro de la Prisión Vendicare. Después, en la pelea que se da entre Tsuna y Mukuro en Kokuyo Land, ya cuando Mukuro estaba derrotado, aparecen de pronto los Vindice y encadenan a Mukuro para regresarlo a Vendicare. A pesar de que Tsuna aboga en favor de Mukuro, diciendo que él realmente no es una mala persona, Vindice le dice que ellos se encargarán, y desaparecen. Tsuna tiene la idea de rescatar a Mukuro, pero Reborn le frena sus deseos diciéndole que no deben de tenerlos como enemigos.
En el Arco de la Batalla Decisiva del Futuro, Byakuran manda a uno de sus hombres para que negocie la libertad de la Verdadera Corona Fúnebre Ghost. Byakuran creyó prudente mejor hacer un acuerdo a enemistarse con Vindice, aún si la Familia Millefiore de Byakuran controlaban casi todo el mundo del futuro.
Así, Vongola y Simon se enfrentan. Tras el término de cada pelea, los Vindice dan a los miembros de las familias una clave, siendo ocho en total, que son recuerdos tanto de Giotto como de Cozart. Cuando Enma pierde el control sobre sus poderes y aparece Daemon Spade, quien resultó ser el que incitara a los Simon a su venganza, los Vindice advierten que él es problema suyo por ser Spade parte de la Familia Vongola. Al final llegan a un acuerdo: si Tsuna y sus Guardianes Vongola detenían a Spade, ellos liberarían a los miembros de Vongola y Simon que fueron presos. Y así lo hacen.
Finalmente, en el último arco del manga, el Arco de la Maldición del Arcoiris, son los Vindice los antagonistas principales, y es aquí donde se revelan sus secretos. Los miembros de Vindice son en realidad ex Arcobalenos de distintas generaciones encontrados por Bermuda, quien también es un ex Arcobaleno, y es cuando fundan Vindice como un medio para localizar al tipo que los convirtió en Arcobalenos y les echó tan inmortal maldición. De esa forma, "vindice" significa "venganza". Ellos poseen Pacificadores convertidos en piedra, esto es porque cada vez que se escogían a los siete más fuertes de una generación, los colores del arcoiris de los Pacificadores que éstos poseían se trasladaban al otro.
El inmenso odio y el deseo de venganza de Bermuda provocan que cree las Flamas de la Noche (también conocida como las "Flamas del Octavo Elemento"), tras el robo de color de su Pacificador por parte de Checker Face, claro que esto incrementa su odio después; gracias a esas flamas fue que Bermuda pudo recuperar su cuerpo ya en decadencia. Y sí, es, el mismo tipo que posee Daemon Spade. Esta Flama la suministra después él a los otros miembros de Vindice, Jagger, Jack, Big Pino, Small Gia y Alejandro.
En este arco, se da la Batalla del Arcoiris, en que cada Arcobaleno forma un equipo con siete o menos miembros y es representado para pelear con los otros equipos, y el equipo ganador conocerá en persona a Checker Facer, el responsable del que haya Arcobalenos (y el Tri-ni-Sette, en sí) y se supone que él removerá la maldición de ese Arcobaleno. Los de Vindice se enteran de esto y atacan a la Familia Simon, quienes son representantes del Arcobaleno Skull, robándoles los relojes que forman parte de esta batalla, con tal de derrotar a los otros equipos y vengarse de Checker Face. Ellos intentan que Reborn se les una a su causa, contándole que el Arcobaleno que gane esa competencia tendrá el mismo destino que los miembros de Vindice.
Luego de muchas batallas con situaciones inesperadas y la salida de Checker Face y su explicación sobre cómo es necesario que existan Arcobalenos para mantener la armonía en el Tri-ni-Sette, Talbot aparece y dice que hay una manera de que se mantenga el Tri-ni-Sette sin necesidad de los Arcobalenos: con la ayuda de las Llamas del Cielo, Pacificadores y el inmenso poder de la Flama de la Noche, pondrán esa energía en siete frascos para lograr un equilibrio. Lo consiguen y las maldiciones en los Arcobalenos desaparece; ahora podrán crecer y vivir normalmente.
Con el alma de los Vindice ya en paz porque ya nadie sufrirá más esa maldición, se comprometen a cuidar esos frascos.
